LayerのAttributesを開いて、
ExtraAttributesのDisplayOrderを変更する。
あるいは、MELコマンドで
setAttr layer1.do 2;
setAttr layer2.do 3;
setAttr layer3.do 1;
等で変更します。
そのままでは反映されないので、
レイヤーを新規に作（って捨て）るか、
ファイルを保存して再読み込みする。
関連MEL
Displaylayer Manager
レイヤーをフォルダー化できるようになります。
フォルダーに入れるにはレイヤーをフォルダーへ中ドラッグで。
作者は困っていらっしゃるようですが。。。